%%{
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flowchart TB
    subgraph " "
    v0["Channel.fromPath"]
    v2["Channel.fromPath"]
    v6["covariates"]
    v7["inferred_covariates"]
    v8["variables_config"]
    v16["high_ld_regions"]
    end
    subgraph "GWAS [GWAS]"
    v9(["MakeCovariatesAndGroups"])
    v15(["BEDGroupsQCed"])
    subgraph "GWAS:LOCOPCA [LOCOPCA]"
    v17(["GroupLDPruning"])
    v19(["LocoGroupPCA"])
    v18(( ))
    end
    v22(["MergeCovariatesPCs"])
    v24(["RegenieStep1"])
    v27(["RegenieStep2"])
    v29(["MergeRegenieResults"])
    v30(["MakeGWASPlots"])
    v1(( ))
    v3(( ))
    v10(( ))
    v20(( ))
    v28(( ))
    end
    subgraph " "
    v31[" "]
    v32[" "]
    end
    v0 --> v1
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