flowchart TB
    subgraph " "
    v0["Channel.fromPath"]
    v2["Channel.fromPath"]
    v4["covariates"]
    v5["variables_config"]
    v11["high_ld_regions"]
    end
    subgraph GWAS
    v6([MakeCovariatesAndGroups])
    v10([BEDGroupsQCed])
    subgraph PCA
    v12([GroupLDPruning])
    v13([GroupPCA])
    end
    v16([MergeCovariatesPCs])
    v22([RegenieStep1])
    v26([RegenieStep2])
    v27([MakeGWASPlots])
    v1(( ))
    v3(( ))
    v7(( ))
    end
    subgraph " "
    v18["group_phenotypes"]
    v28[" "]
    v29[" "]
    end
    v0 --> v1
    v2 --> v3
    v4 --> v6
    v5 --> v6
    v6 --> v7
    v1 --> v10
    v7 --> v10
    v10 --> v12
    v10 --> v7
    v11 --> v12
    v12 --> v13
    v13 --> v7
    v7 --> v16
    v16 --> v7
    v7 --> v18
    v7 --> v22
    v22 --> v7
    v3 --> v26
    v7 --> v26
    v26 --> v27
    v27 --> v29
    v27 --> v28