flowchart TB
    subgraph " "
    v0["Channel.of"]
    v3["Channel.of"]
    v6["store_dir"]
    v19["publish_dir"]
    v20["output_prefix"]
    v30["Channel.of"]
    v32["Channel.of"]
    v35["Channel.of"]
    v37["Channel.fromFilePairs"]
    v41["chain_file"]
    v64["publish_dir"]
    v65["output_prefix"]
    v74["publish_dir"]
    v75["output_prefix"]
    v86["publish_dir"]
    v87["output_prefix"]
    v91["high_ld_regions"]
    v95["high_ld_regions"]
    end
    subgraph CombineGeneticDatasets
    subgraph KGP
    v7([DownloadOrAccessStoredResource])
    v14([CleanKGP])
    v15([KGPVCFToBed])
    v21([MergeKGPChromosomes])
    v25([KeepKGPUnrelated])
    v1(( ))
    v8(( ))
    v12(( ))
    v16(( ))
    v18(( ))
    v24(( ))
    v27(( ))
    v28(( ))
    end
    v29([DownloadOrAccessReferenceGenome])
    v40([WGSIndividuals])
    subgraph GenotypesQC
    v42([LiftOver])
    v43([PedToBed])
    v45([GenotypingArrayBasicQC])
    v47([QCFilesFromKGP])
    v55([FlipAndExtract])
    v31(( ))
    v36(( ))
    v44(( ))
    v46(( ))
    v49(( ))
    v50(( ))
    v57(( ))
    v100(( ))
    v103(( ))
    v106(( ))
    v110(( ))
    v112(( ))
    end
    subgraph GVCFGenotyping
    v58([IndexReferenceGenome])
    v59([CreateSequenceDictionary])
    v60([GenotypeGVCFs])
    v66([MergeGenotypes])
    v61(( ))
    v63(( ))
    end
    subgraph MergeGenotypesAndQC
    v76([MergeGenotypes])
    v78([KingRelationshipInference])
    v79([QCMergedGenotypes])
    v81([AncestryEstimation])
    v96([PCAAnalysis])
    v69(( ))
    end
    v109([CombineCovariates])
    subgraph Report
    v113([MakeReport])
    end
    v38(( ))
    end
    subgraph " "
    v22[" "]
    v23[" "]
    v26[" "]
    v48[" "]
    v56[" "]
    v67[" "]
    v68["counts"]
    v77[" "]
    v80[" "]
    v89[" "]
    v90[" "]
    v94[" "]
    v98[" "]
    v114[" "]
    v115[" "]
    end
    v0 --> v1
    v3 --> v1
    v6 --> v7
    v1 --> v7
    v7 --> v8
    v7 --> v12
    v8 --> v14
    v14 --> v15
    v15 --> v16
    v15 --> v18
    v19 --> v21
    v20 --> v21
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    v12 --> v25
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    v37 --> v38
    v38 --> v40
    v40 --> v47
    v40 --> v109
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    v31 --> v42
    v42 --> v44
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    v50 --> v55
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    v81 --> v96