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flowchart TB
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v75["output_prefix"]
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v91["high_ld_regions"]
v94["high_ld_regions"]
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subgraph "CombineGeneticDatasets [CombineGeneticDatasets]"
subgraph "CombineGeneticDatasets:KGP [KGP]"
v7(["DownloadOrAccessStoredResource"])
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v15(["KGPVCFToBed"])
v21(["MergeKGPChromosomes"])
v25(["KeepKGPUnrelated"])
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v12(( ))
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v18(( ))
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v29(["DownloadOrAccessReferenceGenome"])
v40(["WGSIndividuals"])
subgraph "CombineGeneticDatasets:GenotypesQC [GenotypesQC]"
v42(["LiftOver"])
v43(["PedToBed"])
v45(["GenotypingArrayBasicQC"])
v47(["QCFilesFromKGP"])
v55(["FlipAndExtract"])
v44(( ))
v46(( ))
v49(( ))
v50(( ))
v57(( ))
end
subgraph "CombineGeneticDatasets:GVCFGenotyping [GVCFGenotyping]"
v58(["IndexReferenceGenome"])
v59(["CreateSequenceDictionary"])
v60(["GenotypeGVCFs"])
v66(["MergeGenotypes"])
v61(( ))
v63(( ))
end
subgraph "CombineGeneticDatasets:MergeGenotypesAndQC [MergeGenotypesAndQC]"
v76(["MergeGenotypes"])
v78(["KingRelationshipInference"])
v79(["QCMergedGenotypes"])
v81(["AncestryEstimation"])
v95(["PCAAnalysis"])
v71(( ))
v73(( ))
end
v108(["CombineCovariates"])
subgraph "CombineGeneticDatasets:Report [Report]"
v112(["MakeReport"])
v109(( ))
v110(( ))
v111(( ))
end
v27(( ))
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end
subgraph " "
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